国际生化联合会（IUB）已经设计了一套识别系统对酶进行分类。每种酶都有一个数字分类编号、一个较长的系统命名及一个简短的俗名。例如，催化乳糖向半乳糖和葡萄糖转化反应的酶，其数字分类编号为EC3.2.1.23，系统命名为β-D-半乳糖苷半乳糖水解酶，俗名为乳糖酶。

酶被分为以下六类：

∙ 氧化还原酶--催化氧化还原反应的一类酶，列如催化酒精转化的酶；

∙ 转化酶--催化基因（可视为自由基）从一个分子转移到另一个分子∙ 的酶，如氨基转移酶；

∙ 水解酶--催化化合物与水发生反应的酶，通常是将大分子分解为小∙ 分子，如蛋白水解酶；

∙ 裂解酶--催化生产或得到双键的反应的酶，如烫的转化；

∙ 异构酶--催化同一分子中基团转移的酶，从而产生新的分子结构；

∙ 连接酶--催化分子连接反应的酶，从而形成大分子。

生物工程酶

随着对DNA的识别及了解，促进了基因剪切技术的发展，进而开发出了生物工程酶。现在，随着多种酶的培养及生产方法的开发，很多酶都已经采用基因工程的方法来生产了。有一种利用深层发酵的方法，其生产过程是将筛选的生物（细菌和霉菌）接种到一个含有液体营养物及氧的密闭容器中，使其生长。

随着微生物对营养素的代谢，不断将生产的酶释放到容液中。营养基质通常为经过灭菌的事物，如玉米淀粉、糖、大豆面粉。此过程可以连续操作，也可以间歇操作。反应容器中的温度、氧的消耗量以及PH值应严格控制，以保证酶的最佳生产条件。

酶的回收，需要经过以下几步。首先，用过滤或离心分离的方法除去固体物（生物质）。酶保留在滤液中，称为发酵液。蒸发发酵液使酶浓缩。在加工成粉末、液体或颗粒之前，酶可以进一步通过离子交换进行纯化。残留的固体用石灰水处理稳定后可作为肥料使用。